As edificações que abrigam o Museu Histórico Nacional remontam ao Século XVII e guardam em sua arquitetura vestígios do período Colonial, Imperial e Republicano.

Constituído pela Fortaleza de Santiago, Casa do Trem e Arsenal de Guerra, forma um dos maiores complexos arquitetônicos e históricos da cidade do Rio de Janeiro. A Fortaleza de Santiago, criada em 1567, por Mem de Sá, Governador  Geral do Brasil, entre 1557 a 1572 e  seu sobrinho, Estácio de Sá, que lideraram os portugueses responsáveis pela derrota dos franceses de Villegaignon, estabelecidos na Bahia de Guanabara, desde 1555. O Governador transferiu a cidade do Rio de Janeiro fundada 1565 ao pé do Pão de Açúcar, para o Morro do Descanso, depois chamado Morro do Castelo. Iniciou também a construção da Bateria de Santiago, na Ponta da Piaçaba posteriormente chamada Ponta do Calabouço, onde havia uma fortificação francesa. Depois de 1603, foi ampliada  e se tornou a fortaleza de Santiago que em 1693 abrigava uma prisão de escravos. A partir de então, juntamente com a Ponta onde estava situada,  passou a ser denominada, "do Calabouço".